L'été 1936 voit naître l'ancêtre du FCBJ, le CSB (Club Sportif Bergusien) — une équipe de football amateur créée par passion, jouant de manière loisir. Les couleurs ciel et grenat sont adoptées, les mêmes que le CSBJ Rugby voisin, marquant dès le départ l'identité berjallienne du club.
Le Club Sportif Bergusien prend le nom de Club Sportif Ouvrier (CSO), reflétant son ancrage populaire et ouvrier dans la ville industrielle de Bourgoin-Jallieu.
21 ans après sa création, le club franchit un tournant décisif : il s'affilie à la Fédération Française de Football (FFF), structurant définitivement son organisation et ouvrant la voie aux compétitions officielles nationales.
Après plusieurs saisons de construction et de montées progressives, l'équipe première accède pour la toute première fois au niveau Ligue (niveau régional supérieur), concrétisant des années de travail collectif.
Avec 280 licenciés et 18 équipes, le FCBJ lance une ambitieuse politique de formation des jeunes et des éducateurs. Les résultats sont rapides : cinq ans plus tard, le club compte 450 licenciés et est le 8e club le plus staffé de la ligue régionale.
Le FCBJ devient club partenaire de l'AS Monaco (Division 1). La même année, le club affronte Martigues (Division 2) en Coupe de France — une première confrontation avec le foot professionnel. En 1997, l'international français Didier Christophe arrive comme directeur technique, et les seniors accèdent à la Division d'Honneur.
Après le RC Lens (2000), le FCBJ s'associe en 2010 à l'Olympique Lyonnais — partenariat qui perdurera plus de 15 ans et permettra des échanges de formation entre les deux clubs.
Suite à une saison dantesque, le club monte pour la première fois de son histoire en CFA 2 (futur National 3), couronnée par une victoire en Coupe Rhône-Alpes. En 2015, la FFF lui décerne le label École de Football, récompensant le travail de formation accompli.
Le 3 juin 2023, le FCBJ accède au Championnat National 2 pour la première fois de son histoire, après dix ans en cinquième division, grâce à une victoire 3-0 contre la réserve de Lyon-La Duchère au Stade Pierre Rajon.
Le 15 janvier 2025, le FCBJ réalise l'exploit de sa vie : le club de cinquième division élimine l'Olympique Lyonnais (4-2 aux tirs au but après 2-2) en 32e de finale de Coupe de France — une première dans l'histoire du football français pour un club de ce niveau contre l'OL. Le gardien Ronan Jay arrête les tirs de Lacazette et Tolisso. Le FCBJ atteint les 8e de finale, où il s'incline face à Reims (Ligue 1).
Après un passage en National 2, le FCBJ évolue en National 3 Groupe H avec plus de 550 licenciés. Sous la direction de Freddy Morel, le club reste l'un des projets sportifs amateurs les plus ambitieux de l'Isère, avec un stade, une formation solide et une fan-base passionnée.